Docente

Prof. Marisa Manzano marisa.manzano@uniud.it

Crediti

3 CFU

Finalità

Il corso si propone  di fornire allo studente una panoramica sulle tecniche microbiologiche basate sulle analisi molecolari. Verranno fornite nozioni relative ai metodi di analisi microbiologica non convenzionali utilizzati sia nel settore della ricerca sia nel settore in evoluzione dell’industria. L’obiettivo è quello di rendere lo studente in grado di utilizzare tecniche molecolari in grado di ridurre notevolmente i tempi di indagine utilizzati con le metodiche tradizionali. Allo scopo sono previste esercitazioni pratiche in laboratorio.

Programma

Fondamenti della Reazione di Polimerizzazione a Catena (PCR ), importanza dell’ottimizzazione della reazione. Utilizzo della PCR nell’analisi microbiologica degli alimenti. Metodi di amplificazione di sequenze anonime (RAPD, rep-PCR, ecc.). Principi di utilizzo delle tecniche di rilevazione delle mutazioni puntiformi: (Temporal  Temperature Gradient gel Electrophoresis (TTGE), Denaturino Gradient Gel Electrophoresis (DGGE), Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP), Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP). Impiego della tecnica Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP)nell’identificazione e differenziazione di microrganismi di origine alimentare. Utilizzo di sistemi elettroforetici  TTGE, DGGE per l’identificazione di microrganismi isolati da alimenti. Utilizzo di sonde nell’ibridazione molecolare (ibridazione in situ e su matrice solida). Sequenziamento chimico e biochimico del DNA: principi di funzionamento. Sequenziamento automatico del DNA, possibili problemi. Tecniche di acquisizione di immagine, fingerprinting ed elaborazione dati. Confronto in banca dati delle sequenze di DNA ottenute tramite sequenziamento. Il corso prevede lo svolgimento di esercitazioni pratiche relative alle tecniche PCR, ai sistemi TTGE, DGGE, RFLP  ed alle elaborazioni al computer dei fingerprinting e del confronto in banche dati. Biosensori a fibra ottica.

Esercitazioni

Amplificazione di campioni di microorganismi isolati da vino e mosto; utilizzo delle TTGE, DGGE per la ricerca di mutazioni puntiformi atte alla differenziazione dei microorganismi. RFLP su DNA genomico. Analisi al computer per la creazione di cluster e ricerca di sequenze in genbank.

Bibliografia

G. Poli Biotecnologie conoscere per scegliere UTET

C. Ratledge e B. Kristiansen Biotecnologie di base Zanichelli

Appunti di lezione

Modalità di esame

Orale

Orario di ricevimento

Presso lo studio del docente. Da Lunedì a Venerdì previo appuntamento.